a charakterizace proteinu kapsidového lešení kódovaného UL26.5 viru herpes
Kombinace rychlého mikrofluidního míchání a tříbarevného monomolekulárního FRET professional zkoumání kinetiky konformačních změn proteinů
Jednomolekulární Försterův rezonanční přenos energie (FRET) je díky své vysoké citlivosti a schopnosti rozlišovat jednotlivé subpopulace v heterogenních systémech vhodný professional studium kinetiky konformačních změn proteinů . Nicméně , z nichž nejčastější přístup využívající dva fluorofory mohou monitorovat pouze jednu vzdálenost v čase, a použití tří fluoroforů professional současné sledování více vzdáleností byl do značné míry omezeno na výkyvy rovnováhy. Zde ukážeme, že tříbarevný FRET s jednou molekulou lze kombinovat s rychlým mikrofluidním mícháním, aby se vyšetřily konformační změny v proteinu z milisekund na minuty. V kombinaci s ručním mícháním jsme rozšířili kinetiku na 1 hodinu, což odpovídá celkovému rozsahu 5 řádů v čase.
Studovali jsme konverzi monomeru na protomer toxinu cytolysinu A (ClyA) tvořícího póry, jednoho z největších známých proteinových konformačních přechodů. Lokálně specifické značení ClyA třemi fluorofory nám umožnilo sledovat kinetiku tří intramolekulárních vzdáleností současně a odhalilo dříve nezjištěný meziprodukt. Kombinace tříbarevného monomolekulárního FRET s rychlým mikrofluidním mícháním tak poskytuje přístup ke zkoumání mechanismů složitých biomolekulárních procesů s vysokým časovým rozlišením.
Rakovinová imunoterapie NC410, Fc protein LAIR-2 blokující interakci lidského LAIR-kolagenu
Kolageny jsou primární složkou extracelulární matrice a jsou funkčními ligandy professional inhibiční imunitní receptor spojený s leukocytovým receptorem podobným imunoglobulinům (LAIR) -1. LAIR-2 je vylučovaný protein, který může působit jako návnadový receptor vazbou kolagenu s vyšší afinitou než LAIR-1. Navrhujeme, aby kolageny podporovaly imunitní únik interakcí s LAIR-1 exprimovaným na imunitních buňkách a aby LAIR-2 uvolňoval imunitní potlačení zprostředkované LAIR-1.
Analýza veřejných lidských datových souborů ukazuje, že kolageny, LAIR-1 a LAIR-2 mají jedinečné a překrývající se asociace s přežitím v určitých nádorech. Navrhli jsme dimerní LAIR-2 s funkčním IgG1 Fc ocasem, NC410, a ukázali jsme, že NC410 zvyšuje expanzi lidských T buněk a efektorovou funkci in vivo v modelu onemocnění xenogenní štěp versus hostitel. V modelech humanizované myší nádory NC410 omezuje růst nádoru, který je závislý na T buňkách. Imunohistochemická analýza lidských nádorů ukazuje, že NC410 se váže na oblasti bohaté na kolagen, kde jsou lokalizovány imunitní buňky LAIR-1 + . Naše zjištění ukazují, že NC410 může být novou strategií professional imunoterapii rakoviny professional imunitní vyloučené nádory.
Imunologická identifikace a charakterizace proteinu kapsidového lešení kódovaného UL26.5 viru herpes simplex typu 2
Herpes simplex virus typu 2 (HSV-2), což je patogen, který způsobuje genitální herpes léze, interferuje s imunitním systémem hostitele pomocí různých známých i neznámých mechanismů. Tento virus byl použit ke studiu virového antigenního složení. Rekonvalescentní sérum od pacientů infikovaných HSV2 bylo použito okay identifikaci virových antigenů pomocí 2-D proteinové elektroforézy a imunoblotu. Sérum převážně rozpoznávalo několik kapsidových skeletových proteinů kódovaných genem UL26.5, hlavně ICP35 .
Bylo zjištěno, že tento protein primárně dočasně funguje ve virové sestavě, ale není exprimován ve zralých virových částicích. Další imunologické studie naznačují, že tento protein vyvolává specifické reakce protilátek a cytotoxických T lymfocytů (CTL) u myší, ale tyto odpovědi nevedou ke klinickému ochrannému účinku v reakci na výzvu HSV2 . Knowledge naznačují, že imunodominance ICP35 může být použita okay návrhu integrovaného antigenu s jinými virovými glykoproteiny.
inolab
Autoimunomické podpisy stárnutí a neurodegenerativní nemoci související s věkem jsou spojeny s funkcí mozku a ribozomálními proteiny
Biologické stárnutí je složitý proces charakterizovaný sníženou funkcí buněk a tkání, včetně imunitního systému. V důsledku toho stárnutí ovlivňuje expresi a vývoj autoprotilátek a autoreaktivních T buněk, které lze v jejich souhrnu považovat za autoimunom jedince. V této studii jsme analyzovali, zda jsou sady autoimunitních znaků spojeny se specifickými fenotypy, které tvoří autoimunomické podpisy související s věkem a neurodegenerativními chorobami. Údaje o profilu autoprotilátek zdravých subjektů a pacientů z databáze GEO byly použity okay prozkoumání autoimunomických podpisů stárnutí a tří neurodegenerativních onemocnění včetně Parkinsonovy choroby (PD), Alzheimerovy choroby (AD) a roztroušené sklerózy (MS).
Naše výsledky ukazují, že autoimunomický podpis stárnutí je charakterizován zvlněným nárůstem IgG autoprotilátek spojených s učením a chováním a konzistentním nárůstem IgG autoprotilátek souvisejících s ribozomy a translací a autoimunomický podpis stárnutí je také spojován s neurodegenerativním věkem nemoci. Je zajímavé, že analýza diferenciálního výrazu a posuvného okna (DE-SWAN) identifikovala tři vlny změn autoprotilátek během stárnutí ve věku 30, 50 a 62 let. Dále zejména IgG autoprotilátkyty proti ribozomálním proteinům, by mohly být použity jako predikční markery professional stárnutí a neurodegenerativní onemocnění související s věkem. Tato studie proto poprvé odkrývá komplexní autoimunomické podpisy professional stárnutí a neurodegenerativní onemocnění související s věkem.
Identifikace 7 000–9 000 proteinů z buněčných linií a tkání jednorázovým mikroskopickým LC-MS / MS
Současným trendem v proteomice je získávání dat „jednorázově“ pomocí LC-MS / MS, protože to zjednodušuje pracovní postupy a slibuje lepší propustnost a kvantitativní přesnost než schémata, která zahrnují rozsáhlou frakcionaci vzorků. Jednorázové přístupy však mohou trpět omezeným pokrytím proteomu, pokud se provádí získáváním závislým na datech (ssDDA) v nanoflow LC systémech. Professional aplikace, kde množství vzorků není vzácné, tato studie ukazuje, že vysokého pokrytí proteomu lze dosáhnout pomocí systému microflow LC-MS / MS provozujícího sloupec 1 mm id × 150 mm, při průtoku 50 μL / min a spojený na hmotnostní spektrometr Orbitrap HF-X.
Výsledky demonstrují identifikaci -9 000 proteinů z 50 μg proteinu stráveného z kořenů Arabidopsis , 7 500 z myšího brzlíku a 7 300 z lidských buněk rakoviny prsu za three hodiny analytického času v jednom běhu. Dynamický rozsah kvantifikace proteinů měřený přístupem iBAQ překlenul 5 řádů a replikovaná analýza ukázala, že medián variačního koeficientu byl pod 20%. Tato studie společně ukazuje, že ssDDA pomocí μLC-MS / MS je robustní metodou professional komplexní a rozsáhlou proteomovou analýzu, kterou lze v budoucnu dále rozšířit na rychlejší přístupy okay chromatografii a získávání nezávislých na datech.
